Действия Tom Clancy's Splinter Cell Blacklist развиваются спустя шесть месяцев после событий, рассказанных в Conviction. К этому времени «Третий эшелон» был расформирован.Новой угрозой выступает террористическая организация из Ближней Азии, которая грозит США серией терактов, если правительство не прекратит свою интервенцию в их страны. Высказанные угрозы были составлены в так называемый «черный список» – если требования террористов не будут удовлетворены, они начнут последовательно их исполнять.

Splinter Cell: Conviction начинается с того, что Сэм Фишер уходит из Третьего Эшелона, несмотря на угрозы со стороны своего начальства. И во время расследования смерти своей дочери, Сары Фишер (которая погибла в результате аварии по вине пьяного водителя во времена Двойного Агента), Сэм узнает, что смерть его дочери была не случайной и теперь он вместе с Викто Костером, бывшим «морским котиком» и давним своим другом, будут вести охоту на Андрея Кобина, торговца оружием, который по предположениям Сэма, убил его дочь.