Марс, 2170 год — с момента окончания событий Red Faction: Guerrilla, предыдущей игры серии, прошло 50 лет. Тогда силам сопротивления и их союзником удалось отстоять свою свободу и установить на планете мир и спокойствие. Однако длились они недолго. В результате техногенной катастрофы жить на поверхности Марса стало невозможно, и колонистам пришлось переселиться в единственное безопасное место — подземные пещеры.