Много песка утекло со времени нашего первого знакомства с Принцем Персии, и вот он вернулся. На этот раз он расскажет нам историю о давно забытом прошлом, почти утерянном в круговороте времени. После получения невероятной силы - возможности управлять Песками Времени - Принц отправился в королевство своего брата Малика, но там встретил лишь смерть и разрушение. Чтобы спасти королевство брата, Принц снова вступает в схватку...

Вернувшись в Вавилон с императрицей Каилиной, Принц обнаруживает, что его царство разорено войной. Позднее он узнает, что Каилина пала жертвой заговора. Смерть императрицы высвобождает Пески Времени, угрожающие исчезновением всему, что дорого наследнику престола. Выброшенный на улицу и всеми преследуемый герой осознает, что им постепенно овладевает дух Темного Принца, порожденный Песками Времени. В борьбе с самим собой - своим демоническим двойником - Принцу придется отстоять свое право быть правителем Вавилона.